El avión salió del centro de DHL en el Aeropuerto de Leipzig justo después de las 03:00 hora local (02:00 GMT) y se estrelló alrededor de una hora y media más tarde, según datos del sitio web de seguimiento de vuelos Flightradar24.
Las operaciones de vuelo continúan en el aeropuerto de Vilnius mientras las autoridades responden al accidente, dijo Flightradar24.
Bomberos fueron vistos luchando contra el humo que salía de un edificio a 1.3 km (0.8 millas) al norte de la pista del aeropuerto, informó la agencia de noticias Reuters.
La causa del accidente es desconocida y las autoridades lituanas han iniciado una investigación.
Las autoridades dijeron que no tienen datos en este momento que sugieran que hubo una explosión antes del accidente.
El jefe de la unidad de servicios de emergencia y bomberos de Lituania, Renatas Pozela, dijo que el avión se dirigía a aterrizar en el aeropuerto de Vilnius y “se estrelló a pocos kilómetros de distancia”.
Una persona de la tripulación de cuatro miembros falleció, agregó.
El Sr. Pozela dijo que una casa cercana resultó “ligeramente dañada” e infraestructura cercana se incendió, pero todos los residentes fueron evacuados de manera segura.
El avión era un Boeing 737-400, dijo un portavoz del aeropuerto.
El clima reportado antes del accidente era una temperatura de 0°C (32°F), con nubes antes del amanecer y vientos alrededor de 18 mph (30 km/h), informó la agencia Associated Press.
La aeronave tenía 31 años, añadió AP.